La sua datazione originaria risale, presumibilmente, all’inizio del XIII secolo e la struttura iniziale consisteva in una semplice aula con pianta a croce greca.

In origine di proprietà della famiglia Altoviti, insieme a tutti i beni ubicati sul colle “Sancti Iohannis” passò in eredità alla famiglia Muti Papazzuri nei primi anni del XVII secolo.

Nel 1725 il marchese Giovanni Battista Muti Papazzurri, con il preciso intento di valorizzare l'edificio sacro, vista anche l'imminenza dell'Anno Santo, incaricò l'arch. Sebastiano Cipriani di operare un rifacimento della chiesa esistente, che si concretizzò con l'apertura del vano absidale in cui viene collocato l'altare maggiore, per proferire alla struttura un maggior senso di prospettiva, la conseguente creazione delle due “cappelle” laterali mediante il posizionamento di colonne addossate alle pareti e con l'impostazione di una facciata importante, sviluppata in senso verticale, per mezzo di due torri campanarie, che rendesse la chiesa, situata sul punto più alto del colle, un edificio svettante ben visibile dalla città.

 Le opere di rifacimento della chiesa si conclusero con il decoro delle volte del soffitto, dell'altare maggiore, ad opera di Gaetano Sardi, il quale realizzò gli affreschi aventi come tema comune la “solitudine” della dimora e la  possibilità di ritirarsi in preghiera in totale quiete.