L'originale nucleo abitato sorge ad ovest del moderno centro di Monteflavio, sulla cima di un monte dove nel XIII secolo venne eretto il castello di Montefalco. Dell'imponente complesso sono ben visibili la cinta difensiva, la rocca e le abitazioni dotate di cisterna per l'approvvigionamento idrico che furono mantenute in vita fino al 1422, anno in cui il castello risulta in abbandono comparendo nella lista delle terre disabitate. Alla fine del Cinquecento, per volere della famiglia Orsini, la tenuta di Montefalco vede ricrearsi un nuovo centro abitato spostato ai piedi del colle, in prossimità della pieve di S. Martino. Anteriormente all'impianto dell'insediamento di Montefalco, infatti, a sud-ovest del borgo attuale sorgeva la chiesa di S. Martino, nata come pieve romantica e dedicata al culto di S. Donato. Questo culto arcaico fu sostituito da quello per S.Martino, introdotto nel 1750 dagli abitanti di Marcitelli che giunsero a colonizzare il nuovo centro di Monteflavio su invito del Cardinale Flavio Orsini, con la promessa di assegnazione di terre e di sgravi fiscali. Nel 1644 Monteflavio viene venduto ai Barberini.