L'antica foresta prenestina si è ridotta attraverso i secoli – secondo gli studiosi, mentre in passato copriva quasi il 35 % della regione, in gran parte nel centro-nord, oggi si estende su circa un quinto del territorio - ma nell'Area Protetta ne resta un frammento di grande importanza e bellezza. Ubicato ad est dell'abitato di Genazzano, il bosco denominato "la Selva" è parte del bacino imbrifero del fiume Sacco.
Rispetto al popolamento animale del bosco, che deve ancora conoscere uno studio specifico e approfondito, si possono comunque segnalare delle presenze piuttosto rare e significative come il granchio d'acqua dolce, che predilige le acque dei numerosi ruscelli che solcano il monumento naturale; dell'istrice, del quale si segnalano diversi sistemi di tane scavate nei pendii più acclivi; e dell'allocco, rapace notturno di media taglia del quale si possono facilmente udire i richiami anche durante il giorno.
Nell'ambito dei boschi prenestini la Selva di Genazzano presenta caratteristiche floristiche e vegetazionali particolari. Si tratta, infatti, di un bosco caratterizzato dal connubio dominante cerrro-farnetto che malgrado rappresenti la tipologia di vegetazione potenziale prevalente nella fascia planiziale e basso collinare della provincia di Roma, è oggi quasi completamente scomparso a causa della forte presenza antropica che incide su quest'area da millenni. In particolare, va sottolineata la presenza del farnetto, specie ad areale sud-europeo particolarmente diffuso nell'Italia meridionale che proprio qui si trova quasi al limite settentrionale del suo areale peninsulare. Oltre a queste due specie sono presenti anche altri importanti legnose quali la farnia, il tiglio, il carpino bianco, l'acero opalo, l'ontano nero ed altre ancora. La presenza di tali specie è dovuta a una situazione bioclimatica altrettanto peculiare che vede la contemporanea presenza di copiose precipitazioni ed elevate temperature, che incidono su un substrato ad alta componente argillosa e quindi ad elevata ritenzione idrica. Molto interessante è anche lo strato arbustivo, dove spicca la presenza dell'alloro spontaneo, del pungitopo, del rovo, del nespolo e poi ancora del biancospino comune e di montagna, del melo selvatico, del perastro ed altro ancora. Interessanti sono anche alcune specie dello strato erbaceo, dove spicca la presenza di due carici, Carice di Griolet e Carice maggiore: la prima è una rarissima entità il cui primo rinvenimento nel Lazio risale a pochi anni orsono, e la seconda è una grossa carice d'ambienti umidi la cui distribuzione attuale è altamente frammentaria ed in forte regressione a causa della devastazione del suo habitat naturale.
La Selva si estende nel settore più meridionale del comprensorio calcareo dei monti Prenestini, ricco di manifestazioni carsiche tra cui doline, ùvala, pozzi, solchi, grotte. Separati dal gruppo dei Lucretili dalla valle dell'Aniene, sono più propriamente costituiti da calcari cretacei ricoperti da una coltre di marne e calcari miogenici.
