Ventotene e Santo Stefano sono due isole che fanno parte dell'Arcipelago pontino, che comprende anche Ponza, Palmarola e Zannone. Situata a metà della rotta tra Ponza e Ischia, Ventotene ha una forma allungata in direzione nordovest-sudest, con una lunghezza massima di 2900 m e una larghezza massima di 900 m. Presenta in generale coste ripide e ha un periplo di 5 miglia marine, vale a dire meno di 10 chilometri. Ad un miglio ad est (circa 1,5 chilometri), separato da un braccio di mare con profondità tra i 7 e i 20 m, si trova l'isolotto di S. Stefano, famoso per l'antico carcere attivo fino al 1965 e fatto erigere da Ferdinando IV di Borbone nel 1795. La piccola Santo Stefano conta circa 500 metri di diametro per un'estensione di 27 ettari.
La posizione dell'isola di Ventotene, distante dalla terraferma e con un profilo che degrada rapidamente a oltre cinquanta metri di profondità, consente di incontrare organismi pelagici anche in prossimità della costa, come grossi pesci di passo (ricciole, tonni, lampughe, lecce ecc.). La presenza di grotte e di franate crea inoltre ambienti che già a bassa profondità ospitano specie tipiche di fondali più profondi. Nei paesaggi subacquei di Ventotene predominano colori come il verde scuro, il rosso cupo o il violetto, determinati dalla presenza di celenterati, poriferi e varie specie di alghe incrostanti. Le volte delle grotte sono spesso ravvivate dal colore arancio delle margherite di mare, qui è possibile incontrare animali notturni come polpi e murene. E' inoltre facile osservare esemplari di triglie o sospettosi pesci pettine, e con più attenzione possiamo individuare, semisommersi nella sabbia, piccoli rombi, pesci lucertola e le tracine, perfettamente mimetizzate. Gorgonie gialle e rosse e trine di mare (briozoi) fanno da sfondo alle evoluzioni di banchi di castagnole, saraghi e labridi. Anche alcuni cetacei sono stati segnalati periodicamente: capodogli, stenelle, delfini comuni e globicefali. Di rado è stata avvistata anche la tartaruga comune.
Ventotene presenta fondali di anfratti e recessi, favoriti anche dal processo erosivo che causa periodici smottamenti. Questa particolare morfologia, associata all'inaccessibilità da terra di lunghi tratti di costa, favorisce un ecosistema particolare in cui si riscontra grande varietà di organismi bentonici. In prossimità delle zone sabbiose fino ai 40 metri, si estendono ampie praterie di posidonia (Posidonia oceanica), un'importante pianta acquatica del nostro mare, particolarmente per il suo "effetto barriera" capace di frenare il moto ondoso proteggendo il litorale da fenomeni erosivi. Apparentemente monotone, le praterie di posidonie sono affascinanti per la grande quantità di microambienti che offrono, un ettaro di posidonieto è in grado di ospitare oltre 350 specie di invertebrati e pesci, senza contare le alghe e i microrganismi. Dove la prateria a posidonia si dirada in chiazze di sabbia possiamo trovare verdi tappeti dell'alghe.
Ventotene e Santo Stefano rappresentano la parte sommitale di un antico vulcano, che si stima raggiungesse un'altezza di circa 1000 metri e un diametro di una ventina di chilometri. Dal punto di vista vulcanologico le due isole appartengono alla cosiddetta provincia campana, assieme al vulcano di Roccamonfina, ai Campi Flegrei, a Ischia e al Vesuvio. Ventotene rappresenta probabilmente il residuo di uno strato-vulcano; nella porzione conservata si distinguono una zona inferiore con livelli piroclastici e lave trachi-basaltiche datate 1,7 milioni di anni, una zona intermedia formata tutta da tufo e una zona superiore con depositi tufitici. Nell'isola di Santo Stefano, invece, le vulcaniti più antiche sono lave risalenti a 1,2 milioni di anni fa.
