La Riserva è caratterizzata da vaste aree agricole, numerosi nuclei urbanizzati e una limitata estensione di formazioni forestali autoctone. L'articolato sistema di ville e casali e il diffuso e antico uso agricolo dei terreni, unitamente ad un tessuto connettivo gradualmente sempre più urbanizzato, hanno infatti contribuito a relegare la vegetazione naturale in porzioni di territorio estremamente localizzate e puntiformi. Le aree agricole occupano attualmente circa il 42% della Riserva.
Da Porta Portese parte oggi la via Portuense, consolare romana di primaria importanza perché conduceva al Campo Salinario di Fiumicino da dove si estraeva il sale, prezioso nell'antichità per conservare i cibi. La via Portuense all'inizio si chiamava infatti via Campana, ed il suo percorso era parallelo al Tevere, ricalcando quello dell'odierna via della Magliana. Intorno alle due consolari sorsero in epoca romana luoghi di culto, poste per i cavalli, ville, terme, mausolei, necropoli e templi. Tra il Trullo e la Magliana vecchia sono rimaste le vestigia del passato o più che altro le testimonianze degli scavi dell'Ecole Française o dell'Istituto Archeologico Germanico riguardanti il Tempio della Fors Fortuna (III sec a.C., ora sotto la stazione FS di Magliana), il tempio della Dea Dia e le terme ed il circo degli Arvali (oggi e' visibile il basamento del tempio degli Arvali nelle cantine di un edificio nella via omonima, tra il Trullo e piazza Madonna di Pompei).
Camminando lungo i limiti della Riserva si incontrano assi viari di epoca romana: la via Aurelia, antichissima direttrice che univa Roma al mare in direzione nord per arrivare in Francia, e la Portuense, antica via che conduceva al Campo Salinario a Fiumicino. Sulle grandi strade romane sorgevano numerosi monumenti funebri, ville e luoghi di culto. E anche qui non mancano le testimonianze archeologiche: principale, tra tutte, l'acquedotto Traiano, il muro di cinta di Villa Pamphili, parallelo alla via Aurelia e il reticolo catacombale di S.Pancrazio e Calepodio a nord e di Generosa a Sud.
