Il territorio del Monumento Naturale Palude di Torre Flavia si estende lungo la costa, tra Cerveteri e Ladispoli, in alcuni tratti separato dal mare da un esiguo accumulo sabbioso e in altri raggiunto dal mare, che mette a nudo parte dei sedimenti anticamente originatisi dal lento accumulo di materia organica proveniente da residui di piante, alghe e animali morti, costituita da un fango molto scuro. Parte dell'area sommersa è oggetto di attività produttiva, grazie alla presenza di un impianto di pescicoltura sostenibile, la cui gestione contribuisce alla manutenzione della Palude.
Il paesaggio è quello delle aree umide costiere, che in passato erano diffuse lungo le coste laziali, quando esisteva un vasto sistema di acquitrini e paludi salmastre. Dietro la spiaggia (oggetto di intensa erosione ed arretramento), corre un cordone dunale, che delimita la palude vera e propria. Questa è formata da piscine, stagni e canali, inframmezzati da lingue di terra, coperte da un fitto e inaccessibile cannucceto, che penetra fino al cuore della palude. All'inizio del secolo le bonifiche e la più recente urbanizzazione di Campo di Mare (anni '60), hanno progressivamente ridotto la grande palude originaria, fino agli attuali 37 ettari.
A dare il nome all'area protetta è una torre cinquecentesca, ridotta a brandelli dall'erosione marina e da un bombardamento durante la seconda guerra mondiale. Fu eretta, probabilmente sui resti di una costruzione più antica, dal cardinale Flavio Orsini su ordine di papa Leone X, nell'ambito del sistema difensivo dello Stato Pontificio e in stretta connessione con il Castello di Palo, che ospitava allora una guarnigione. Da notare lo spostamento della posizione della torre rispetto alla costa, forse il segno più immediato dell'erosione costiera: posta all'interno nel XVI secolo, lambita dall'acqua del mare nella prima metà del XX secolo, la torre è oggi collegata alla terraferma da una massicciata artificiale. La torre è stata danneggiata da un bombardamento effettuato durante la seconda guerra mondiale.
