Ubicato presso un edificio del XVI secolo, è stato recentemente restaurato per ospitare insieme il Museo, l'Archivio Storico e la Biblioteca. I reperti del museo sono conservati in tre sale: la prima, adibita a pinacoteca, ospita alcune tele provenienti dalla Chiesa di S. Francesco e tre affreschi provenienti dalle catacombe di S. Fortunata; la seconda sala, oltre ad ospitare una teca con collezione numismatica, conserva una serie di reperti di ambito ecclesiastico; la terza sala è adibita a Lapidarium, con reperti di epoca imperiale, paleocristiana e rinascimentale.