Il territorio dell'area protetta si estende per 410 ettari sulla superficie del monte dal quale prende il nome, svettando nel paesaggio pianeggiante della valle del Tevere, tra la via Flaminia e il fiume a circa 40 km a nord di Roma. La composizione calcarea delle rocce dà origine a fenomeni carsici sia in superficie che in profondità. Alcune delle cavità prodotte, come la grotta di S. Lucia, conferiscono un valore inestimabile alla riserva. Anche la vegetazione del Monte Soratte , analogamente alle caratteristiche geologiche, si differenzia nettamente dal paesaggio circostante, formando un'entità nettamente riconoscibile. All'interesse naturalistico la riserva unisce quello storico-monumentale per la presenza di un percorso degli eremi che testimoniano la vocazione religiosa del sito, conosciuto sin dai tempi più antichi come la "Montagna Sacra".
Allungato per 5,5 km in direzione NO-SE, se ora appare come un'isola calcarea nella valle del Tevere – nonostante raggiunga solo la quota di 691 metri - il Soratte in tempi remoti fu una vera isola del mare, quando nel corso del Pliocene tutte le zone circostanti vennero invase dalle acque marine. A testimonianza di quel periodo, l'area circostante il rilievo è caratterizzata da sabbie e argille che si sono formate dai sedimenti marini.
La vegetazione che riveste questa montagna risulta varia e differenziata in relazione alla composizione del substrato ed alle diverse esposizioni. Prevalgono le formazioni a bosco e boscaglia. Sul versante nord-orientale più fresco si possono osservare boschi con dominanza locale di caducifoglie come il carpino nero (Ostrya carpinifolia), l'orniello (Fraxinus ornus)e l'acero minore (Acer monspessulanus) misti a specie sempreverdi come il leccio (Quercus ilex); sul versante esposto a sud-est prevale una boscaglia termofila, simile alla macchia mediterranea con leccio, acero minore, terebinto (Pistacia terebinthus), fillirea (Phyllirea latifolia) che caratterizzano un raro tipo di comunità vegetale per la prima volta descritta sul monte Soratte.
Il complesso montuoso e l'ambiente boschivo ospitano ancora diverse specie di animali. Tra i mammiferi abbondantemente presenti nella zona sono la volpe, lo scoiattolo ed il moscardino. Tra gli insettivori sono presenti il riccio, la talpa e numerose specie di toporagni. Le zone forestali presentano una ricca avifauna stanziale, nonché di passo e migratoria. Sono presenti fra i rapaci la poiana, il gheppio, l'allocco, la civetta, il picchio verde ed il picchio rosso maggiore, oltre a diverse specie di passeriformi.
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