Il convento e la chiesa sorgono su un'area donata dall'abate di S. Scolastica, Lando, a S. Francesco, quando questi giunse a Subiaco nel 1224 per visitare il Sacro Speco. La costruzione risale al 1327 e mostra elementi romanico-gotici ben marcati. La chiesa è a una sola navata e con volta a capriate. Al centro campeggia il bellissimo trittico di Antoniazzo Romano (1467) raffigurante la Vergine col Bambino, S. Francesco e S. Antonio da Padova. Molto interessante è l'ultima cappella di sinistra, con pregevoli affreschi del Sodoma e una splendida Natività del Pinturicchio.
Nella parete opposta, domina il terzo altare un bel S. Francesco d'Assisi che riceve le stimmate, attribuito a Sebastiano del Piombo (1485-1547). Dietro l'altare si può ammirare un pregevole coro in noce, completamente intarsiato, realizzato nel 1504 da un francescano reatino. Il chiostro in stile romanico, a forma quadrata, è stato ristrutturato nel 1893. Sulle pareti del portico sono presenti affreschi del pittore romano Ludovico Grilletti, raffiguranti la vita di S. Francesco e di altri santi dell'Ordine.
