La Caffarella è una valle alluvionale, con pianori sommitali tufacei, versanti più o meno scoscesi e un fondo piatto formato dal materiale trasportato dal fiume Almone. Una agricoltura e una pastorizia limitata soltanto a alcune parti della valle, e i vincoli attuali hanno favorito la permanenza di ambienti di grande interesse naturalistico.
Il fondovalle è ricco di falde e da numerose sorgenti: in alcune aree incolte si è perciò sviluppata una vegetazione spontanea idrofila tra cui il pioppo nero e il salice comune. Abbondante la cannuccia di palude e nei prati allagati la lisca maggiore, l'equiseto, il luppolo comune, l'orchidea acquatica a Roma presente solo qui e nel Parco del Pineto. Abbondano i prati naturali, carichi di erba mazzolina, di margherita gialla, di caccialepre, di erba medica orbicolare, salvia minore, calcatreppola campestre. è stato qui trovato il raro lupino greco presente soltanto in altre tre località italiane.
Cespuglieti: troviamo ginestra comune, alanterno, marruca, rosa selvatica, pruno selvatico, fusaria comune, corniolo sanguinello, olmo comune, sambuco comune, robinia.
Di fronte al Casale della Vaccareccia, si trovano due boschetti di querce: uno prevalentemente costituito dalla quercia di Dalechamps l'altro da cerri e lecci. Di notevole interesse i grandi alberi di farnia, alla base del versante.
Sulla collina di fronte alla chiesetta di S. Urbano rimangono tre lecci secolari. è qui che le fonti storiche localizzano un antico "Bosco Sacro", di cui i tre alberi possono essere l'ultima testimonianza
