Nel monastero di Santa Scolastica, al piano superiore del lato nord del chiostro gotico, con finestre ad arco che vi si affacciano, è collocata la Biblioteca.
Nella "Regola" San Benedetto impose ai monaci la lettura di libri sia privata, che comunitaria, soprattutto in particolari momenti dell'anno liturgico.

Era, quindi, necessario un luogo dove conservarli, ma a Santa Scolastica non è rimasto alcun segno di tale pratica. Si sa, invece, che alla fine del 1100 l'abate Giovanni V, amante della cultura, dotò il monastero di uno "Scriptorium", nel quale chiamò miniatori di grande fama da monasteri italiani e stranieri. Commissionò il "Sacramentarium Sublacense", che oggi si trova alla Biblioteca Vallicelliana di Roma e molti altri libri, dando origine ad una vera e propria biblioteca. Anche i suoi successori fecero altrettanto, così che alla fine del 1300 la biblioteca di Santa Scolastica poteva contare diecimila volumi. Nei secoli successivi molti libri andarono dispersi, ma nel 1465 due stampatori di Magonza, i chierici A. Pannartz e C. Sweynheym, vi impiantarono la prima tipografia italiana.
Si mise fine, così, ad attività connesse con la preparazione di materiali scrittori, con la copiatura dei testi e con la loro ornamentazione, ma si diede vita, il 29 Ottobre 1465, al primo libro stampato in Italia, in uno stile tipografico detto "stile Subiaco".
Molti altri libri furono stampati, ma non sempre gelosamente custoditi; fino al 1848, quando fu curato il riordinamento della Biblioteca e dell'archivio e furono acquistate opere riguardanti la Storia della Chiesa, la Sacra Scrittura, classici latini ed autori stranieri. Durante le incursioni garibaldine i libri furono nascosti in un luogo sconosciuto. Nel 1873 furono confiscati dallo Stato e, come gli altri beni del monastero, furono messi all'asta; Santa Scolastica divenne monumento nazionale.
Successivamente un monaco fu incaricato di ordinare i libri e i manoscritti rimasti, che, nel 1875, ammontavano a 5256 e che, nel 1894, diventarono 8000. Oggi la biblioteca è "Biblioteca Statale" annessa al Monumento Nazionale di Santa Scolastica e contiene 100.000 volumi, 3780 pergamene, 15.000 documenti cartacei dal 1500 in poi, 440 codici manoscritti e 213 incunaboli, di cui solo 3 stampati a Subiaco: un Lattanzio e due De Civitate Dei. Dal 1996 ospita il famoso "Archivio Colonna", che l'ha arricchita e le ha dato ulteriore prestigio.

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