Una cintura di cannucce di palude (Phragmites australis) circonda e protegge le sponde del Lago di Fondi. Esteso su tutto il perimetro del lago, il canneto ha in media lo spessore di una ventina di metri ma in alcune zone, come alla foce del canale San Vito, è profondo oltre 100 metri. Un fenomeno caratteristico è la formazione di isolotti galleggianti, noti in zona come ballene, formati da frammenti di canneto che si staccano dalle sponde a causa di forti raffiche di vento. La cannuccia di palude, della famiglia delle Graminacee, cresce bene anche con le radici che affondano in terreni costantemente allagati. Questo tipo di vegetazione, formato da poche specie dominanti (cannuccia di palude, tifa, giunchi) a un’importante ruolo nella protezione delle sponde e rappresenta un riparo accogliente, un sicuro nascondiglio e un ottimo sito di nidificazione per diversi uccelli che nel tempo si sono specializzati per colonizzare questo ambiente, a tal punto che il loro aspetto li rende praticamente invisibili in questo habitat. Solo un occhio attentissimo può distinguere tra le canne un tarabuso in atteggiamento di difesa, il piccolo tarabusino o l’airone rosso, per il quale il lago rappresenta forse l’unico sito di nidificazione nel Lazio. La presenza del porciglione, del voltolino e della schiribilla è spesso tradita solo dagli inconfondibili richiami; i nidi del pendolino, del cannareccione e della cannaiola, appesi al fusto delle canne, assomigliano a vere e proprie case su palafitta. Ultima ma non meno importante, è la presenza del falco di palude che sverna nell’area protetta e trova nel canneto il luogo ideale per rifugiarsi nelle ore notturne.