Nel cuore della riserva si sviluppa il Lago di Canterno con un bacino di circa due km².

Ai primi dell’800 al posto dell’attuale lago esisteva una pianura coltivata e le acque dei fossi Cese e Diluvio la percorrevano fino a gettarsi in un inghiottitoio detto il Pertuso.

Questo cominciò ad ostruirsi per i materiali convogliati dal crescente afflusso, cosicché nella parte più bassa della conca le acque cominciarono a raccogliersi in un lago.