Si tratta di una depressione di forma ellittica, il cui asse maggiore è lungo quasi nove chilometri e i cui margini si elevano mediamente fino a quasi 200 m sul livello del fondo pianeggiante. Originatasi a seguito di ripetute eruzioni vulcaniche avvenute circa 200 mila anni fa, fu in seguito occupata dalle acque di un lago. Le puzzolaie, che danno il nome a questa località, sono manifestazioni residuali dell'attività vulcanica consistenti in emissioni di gas e vapori contenenti acido solfidrico.
La caldera è una parola portoghese entrata nella terminologia vulcanologica mondiale. A seguito di eruzioni estremamente violente, nel corso delle quali vengono eruttate enormi quantità di materiali piroclastici, l'apparato vulcanico già in parte demolito subisce uno sprofondamento. La depressione che si forma ha andamento per lo più circolare e viene detta caldera. Quella di Latera presenta parecchi crateri ben riconoscibili, con quattro cinte concentriche attestanti quattro diverse fasi eruttive.
Quello della caldera non è solo un valore paesaggistico e geologico. Le caratteristiche singolari dei suoi ambienti e la locale biodiversità le hanno valso il riconoscimento dell'inclusione nelle liste laziali tanto dei Sic (siti d'importanza comunitaria) che delle Zps (zone di protezione speciale). In particolare, è l'avifauna la componente più interessante del popolamento animale locale. Tra le specie segnalate spiccano rapaci caratteristici degli ambienti aperti come l'albanella minore, il nibbio bruno e il lodolaio. Più discrete, ma non meno importanti, le presenze di diversi passeriformi abituali frequentatori delle aree steppiche come la calandra, l'ortolano, la quaglia. Tra i rettili è segnalata la testuggine comune.
